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农村居民建房的耕地占用税由所属乡镇财政所负责征收。耕地占用税以纳税人实际占用的耕地面积为计税依据，按照规定的适用税额一次性征收，应纳税额为纳税人实际占用的耕地面积（平方米）乘以适用税额。
当前耕地占用税缴纳常见的处理方式有两种：
1、一种方式是由地方土地储备中心缴纳，作为土地开发成本费用的一部分，体现在“招拍挂”的价格当中。
2、随着土地市场的不断深化改革，国家实行土地储备制度，各级政府相应成立了土地收购储备中心、各类土地开发公司，主要职能是代政府征用、收购、储备土地等。对城市规划区以内的建设占用土地实行政府集中打捆批地，土地收购储备中心及各类土地开发公司等在办理农用地转用或征用手续后，施行土地平整等初加工，使农用地变成建设用地，集体土地变成国有土地，改变了原土地的用途和性质。同时，在实际运作中，土地收购储备中心、各类土地开发公司等实行的是引资一个企业界定一个企业的占地措施，其他耕地批而未占。
3、根据《中华人民共和国耕地占用税暂行条例》“占用耕地从事其他非农业建设的单位和个人是耕地占用税的纳税人”和《国家税务总局关于耕地占用税若干问题的批复》(国税函[2001]178号)“地方政府为招商引资，以政府名义征用大片耕.地其纳税人为办理耕地转建设用地手续的单位和个人”的规定，土地收购储备中心、各类土地开发公司等属于耕地占用税的纳税人，应依法缴纳耕地占用税。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》
第一条为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。
第二条凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。
第三条税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。
第四条法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
法律分析：
耕地占用税的减免政策主要包括：
(一)军事设施占用耕地的，免征耕地占用税。
(二)学校、幼儿园、养老院、医院占用耕地的，免征耕地占用税。
(三)铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道占用耕地的，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税。
(四)农村居民占用耕地新建住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税。
农村烈士家属、残疾军人、鳏寡孤独以及革命老根据地、少数民族聚居区和边远贫困山区生活困难的农村居民，在规定用地标准以内新建住宅缴纳耕地占用税确有困难的，经所在地乡(镇)人民政府审核，报经县级人民政府批准后，可以免征或者减征耕地占用税。
农村居民经批准搬迁，原宅基地恢复耕种，凡新建住宅占用耕地不超过原宅基地面积的，不征收耕地占用税;超过原宅基地面积的，对超过部分按照当地适应税额减半征收耕地占用税。
(五)农田水利占用耕地的，不征收耕地占用税。
(六)建设直接为农业生产服务的生产设施占用林地、牧草地、农田水利用地、养殖水面以及渔业水域滩涂等其他农用地，不征收耕地占用税。
耕地占用税是对占用耕地建房或从事其他非农业建设的单位和个人征收的税。采用定额税率，其标准取决于人均占有耕地的数量和经济发展程度。目的是为了合理利用土地资源，加强土地管理，保护农用耕地。
法律依据：
《中华人民共和国耕地占用税法实施办法》
第三条 实际占用的耕地面积，包括经批准占用的耕地面积和未经批准占用的耕地面积。
第四条 基本农田，是指依据《基本农田保护条例》划定的基本农田保护区范围内的耕地。
第五条 免税的军事设施，具体范围为《中华人民共和国军事设施保护法》第二条所列建筑、场地。
第六条 免税的学校，具体范围包括县级以上人民政府教育行政部门批准成立的大学、中学、小学、学历性职业教育学校以及特殊教育学校，以及经省级以上人民政府人力资源社会保障行政部门批准成立的技工院校。
学校内经营性场所和教职工住房占用耕地的，按照当地适用税额缴纳耕地占用税。
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